Para hacer un formateo correcto tendríamos que formatearlas en sistema de archivos FAT (OJO, NO en FAT32, y mucho menos en NTFS), y es aquí donde encontramos el primer escoyo. Windows formatea en el sistema FAT, pero solo lo hace hasta una cierta capacidad y solo en el sentido del párrafo anterior, lo que hace necesario formatearlas con unos programas específicos cuando sobrepasan estas capacidades o queremos hacer algo más que un ''borrado''.
Hay que tener en cuenta que estas memorias son formateadas en fábrica con unos programas específicos, y que, a diferencia de los discos duros, en los que existe una estructura basada en pistas y sectores, en este tipo de memorias no existe esa estructura, siendo reemplazada por una estructura de celdas de información basada en direcciones de posicionamiento de memoria.
Tanto el borrado como la escritura de estas memorias se hace a través de impulsos eléctricos, lo que entre otras cosas hace que la vida de estas memorias esté limitada a una cierta cantidad de operaciones (entre 10.000 y un millón, dependiendo más que nada del voltaje que se emplee para estas operaciones).
Algunos Pendrive incorporan un sistema de formateado que consiste en un dispositivo electrónico (un puente o un pequeño pulsador) en su interior que al activarlo formatea la memoria, devolviéndolas a su estado de fábrica. También hay algunas empresas que distribuyen programas específicos para formatear este tipo de memorias, aunque en muchas ocasionen tan solo funcionan bien en memorias de su propia marca. Estos programas de formateo permiten, sobre todo, recuperar memorias dañadas.
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